Solución: Usar minpoll y maxpoll (en potencia de 2, 4,8,16 ..) en conjunto con burst y iburst.
Por ejemplo en un entorno donde requiere una alta precisión es recomendable esta configuración donde se consulta cada minuto al servidor NTP (/etc/ntp.conf)
driftfile /var/lib/ntp/drift/ntp.drift logfile /var/log/ntp server 192.168.123.40 iburst minpoll 4 maxpoll 4 server 192.168.123.41 iburst minpoll 4 maxpoll 4 restrict 192.168.123.40 restrict 192.168.123.41